Às margens da Lagoa da Conceição estão importantes áreas protegidas de Florianópolis:
Parque Natural Municipal das Dunas da Lagoa da Conceição: é uma área protegida de 706,76 hectares, localizada na região leste da cidade de Florianópolis, no sul do Brasil. É conhecido por suas belas paisagens, compostas de vastos campos de dunas, muitas vezes cobertas por diferentes tipos de vegetação do ambiente de restinga, e recortadas por uma ampla e complexa rede de lagoas e cursos de água. O Parque apresenta grande importância econômica e ecológica, através do intenso turismo que recebe e proteção de diversas espécies de animais, plantas e mananciais.
Parque Estadual do Rio Vermelho: criado pelo Decreto nº 308 de 24 de maio de 2007 está localizado na costa leste da ilha de Santa Catarina, município de Florianópolis. Seus limites são o distrito do Rio Vermelho ao norte, a Lagoa da Conceição ao oeste, a praia de Moçambique ao leste e o distrito da Barra da Lagoa ao sul. Sua área é de 1.532,30 hectares e foi reconhecida em 1962 como Estação Florestal, usada como local de experiência para o plantio de espécies exóticas, do gênero Pinus e Eucalyptus. O plantio destas espécies ocorreu até 1970, o que ocasionou uma grande variação na restinga, que é um ecossistema associado ao bioma Mata Atlântica. Em 1994, passou a categoria de Parque Florestal, e a partir de 2007 recebeu a denominação de Parque Estadual do Rio Vermelho, compondo uma unidade de conservação do estado.
Costa da Lagoa: Com relevo acidentado e montanhoso, em sua parte mais baixa o caminho leva as casas dos moradores e, atualmente, dos novos habitantes: os que buscam a calma da localidade.
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